Фамилия Пердуев — редкий случай, когда исходное прозвище сохранилось почти без изменений, минуя эвфемизмы и литературную обработку. В основе лежит древнерусское слово «пердѣти» — издавать кишечные газы. В крестьянской и посадской среде такие прозвища не несли того унизительного оттенка, какой появился позже, а фиксировали физиологическую особенность человека, часто данную ему в насмешку или для отличия от тёзок. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Пердуев буквально означает «сын Пердуна» или «из семьи Пердуя».

Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков: прозвище на -ун, -ай, -ей (Пердун, Пердяй) превращалось в фамилию через притяжательное прилагательное. Аналогично возникли Бздюлев, Соплёв, Чихалёв — все они из одного ряда «телесной» ономастики, которую в XIX веке при переписях часто заменяли на облагороженные варианты. Сохранность формы Пердуев говорит о том, что носители либо жили в глухих местах, где церковная и чиновничья цензура была слабее, либо фамилия закрепилась до петровских реформ и пережить её «исправление» не успела.

По данным разрозненных метрических книг и ревизских сказок, фамилия встречается в основном в бывших северных и центральных губерниях — Вологодской, Костромской, Нижегородской. В южных регионах, где сильнее было влияние малороссийской и польской традиции, такие основы чаще заменяли на «Пердун» без суффикса -ев. Спор о том, могло ли прозвище относиться к человеку, который «пердит» в переносном смысле — то есть пустословит, врёт, — остаётся открытым. В словаре Даля зафиксировано выражение «пердеть против ветра» в значении «спорить попусту», но прямых доказательств, что прозвище Пердуй давали именно болтуну, нет. Физиологическая версия проще и правдоподобнее.

Известных носителей фамилия не дала, что неудивительно: при советской паспортизации в 1930-х годах многие Пердуевы сменили фамилию на Пердов, Пердюков или вовсе на Парфёнов по созвучию. Те, кто сохранил исходное написание, как правило, происходят из староверческих семей, где фамильную историю не принято было скрывать.