Фамилия Пердухов звучит вызывающе, но её происхождение не связано напрямую с тем, что первым приходит на ум. В основе лежит не глагол «пердеть», а древнерусское нецерковное имя или прозвище Пердуха. В старину «пердухом» в некоторых говорах называли человека тщедушного, хилого, слабого здоровьем — то есть того, кто «еле дух переводит». Это слово восходит к той же основе, что и «пердеть» (в значении «испускать газы»), но в народной этимологии оно чаще означало «слабый, дохлый», а не просто физиологический процесс. Прозвище давали не для оскорбления, а как бытовую характеристику: так могли назвать болезненного ребёнка или взрослого, который быстро выдыхался при работе.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе Пердух- добавился патронимический суффикс -ов, означающий принадлежность. То есть Пердухов — это «сын Пердухи». Форма без суффикса -ин (не Пердухин) указывает, что основа оканчивалась на твёрдый согласный, и это типично для русского севера и центральных областей, где такие фамилии на -ов доминировали. В южнорусских говорах и на Украине чаще встречался бы вариант Пердушенко или Пердухин, если бы прозвище имело мягкое окончание.

В документах фамилия фиксируется с XVII века, в основном среди крестьян и посадских людей. В переписных книгах встречаются Пердуховы из Архангельской и Вологодской губерний — регионов, где сохранились архаичные прозвища. Известен случай: в 1678 году в Шенкурском уезде упоминается крестьянин Ивашко Пердухов, что подтверждает бытовой характер прозвища без негативного оттенка. Позже, с развитием литературного языка, фамилия стала редеть: носители либо меняли её на благозвучные варианты (Первухин, Передков), либо она закреплялась в глухих деревнях, где традиция переименований была слабее.

Сегодня фамилия редкая, но не исчезнувшая. Её обладатели живут в основном в центральной России и Поволжье. Вопреки ожиданиям, большинство носителей — люди с обычными биографиями, без связи с медициной или физиологией. Ономасты (например, Б. Унбегаун в «Русских фамилиях») относят Пердухова к группе «неприличных» прозвищных фамилий, но подчёркивают, что в момент возникновения они не имели обсценного смысла — это была просто меткая народная характеристика.