Фамилия Пердухин — яркий пример того, как прозвище, данное человеку, закрепилось в качестве родового имени. В основе лежит глагол «пердеть», который в древнерусском языке, как и сейчас, имел прямое физиологическое значение. Прозвище Пердуха, Пердух или Пердун давали человеку, который часто или громко испускал газы. Такие прозвища не несли в себе грубой брани — в крестьянской среде, где фамилии только начинали формироваться, подобные «телесные» характеристики были обычным делом: так могли назвать любого за заметную физиологическую особенность, без злого умысла, а скорее для точной идентификации среди соседей.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Пердухин означает «сын Пердухи» или «человек из рода Пердухи». Это типичная модель образования русских фамилий от прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. Если бы основа звучала как Пердух, а не Пердуха, фамилия могла бы стать Пердухов, но в данном случае закрепилась именно «материнская» форма по типу отчества.

С точки зрения географии, фамилия редкая и, скорее всего, имеет локальное происхождение — в одной или нескольких соседних деревнях. Встретить её можно в основном на севере и северо-востоке европейской части России, где лучше сохранились архаичные прозвища, или в Сибири, куда переселенцы принесли свои родовые имена. В центральных и южных губерниях такие «неблагозвучные» фамилии часто заменяли на более приличные при переписях или при смене места жительства.

В ономастической литературе фамилия Пердухин прямо не разбирается, но её механизм точно описан в работах Б. Унбегауна и В. Никонова: прозвища от физиологических действий — один из архаичных пластов русских фамилий, который со временем почти исчез из активного употребления. В современном русском языке фамилия звучит необычно и может восприниматься как курьёз, хотя её носители, скорее всего, не помнят о первоначальном значении прозвища предка.