Фамилия Пердуковка стоит особняком в русском ономастиконе — и не только из-за неблагозвучной основы. Главная её загадка в суффиксе. Подавляющее большинство русских фамилий оканчивается на -ов, -ев, -ин или -ский. Формант -овка — это почти всегда топонимический суффикс, образующий названия деревень, сёл или хуторов (Петровка, Ивановка, Сосновка). Поэтому логичнее всего предположить, что Пердуковка — это не фамилия в прямом смысле, а прозвище по месту жительства. Человека, переселившегося из деревни с таким названием, могли записать в документах как «Пердуковка» — то есть выходец из Пердуковки.

Сама основа фамилии — «пердук» — восходит к просторечному глаголу «пердеть». В древнерусской антропонимии прозвища по физиологическим особенностям или поведению были обычным делом: их давали не ради оскорбления, а как меткую бытовую характеристику. Пердуком могли назвать человека, страдающего метеоризмом, или же, что встречалось реже, того, кто любил грубо шутить на эту тему. В словаре древнерусских прозвищ С. Б. Веселовского встречаются похожие примеры — Пердяй, Пердун, но фамилия Пердуковка не фиксируется, что подтверждает её вторичный, топонимический характер.

Если деревня Пердуковка действительно существовала, её название могло произойти от фамилии или прозвища первого поселенца — некоего Пердука. Тогда цепочка выглядит так: прозвище Пердук → деревня Пердуковка → фамилия Пердуковка. В таком случае носитель фамилии — потомок крестьянина или однодворца из этого селения. Географически такие названия тяготеют к южнорусским и украинским землям, где суффикс -овка особенно распространён в ойконимии.

Сословная принадлежность предков с фамилией Пердуковка, скорее всего, крестьянская или однодворческая. Дворянские фамилии с таким суффиксом практически не встречаются. В советское время неблагозвучные фамилии нередко меняли, поэтому современные носители — либо потомки тех, кто сохранил первоначальное написание, либо люди, получившие фамилию по документам уже в XX веке при паспортизации, когда чиновники записывали прозвище как есть, без смягчения.

Сегодня фамилия Пердуковка — большая редкость. Её носители могут проследить свою родословную до конкретной деревни, а не до абстрактного прозвища, что делает эту фамилию ценным маркером локальной истории.