Фамилия Перегноев — одна из тех, что с ходу вызывает улыбку или недоумение: как можно быть «перегноем»? На деле прозвище Перегной, от которого образована фамилия, не имело ничего общего с тленом или грязью. В русских говорах «перегной» называли перепревший навоз, который крестьяне веками использовали как главное удобрение. Прозвище Перегной мог получить человек, работавший с этой органикой: либо тот, кто возил навоз в поле, либо крестьянин, чьи поля славились плодородием благодаря правильному удобрению. Так же могли назвать и запасливого хозяина, который копил перегной в больших количествах.

Словообразовательная модель здесь прозрачная: основа Перегной- плюс патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («сын Перегноя»). Фамилия на -ев, а не на -ов, потому что основа заканчивается на мягкий согласный «й». Это типичная русская фамилия, возникшая в среде крестьян или сельских работников. В отличие от дворянских фамилий, которые часто образовывали от географических названий или церковных имен, Перегноев — яркий пример «ремесленной» или бытовой фамилии, прямо указывающей на занятие предка.

Ономастический словарь Б. Унбегауна относит такие фамилии к группе прозвищ, связанных с сельским хозяйством. Встречается Перегноев почти исключительно в центральных и южных черноземных регионах России, где земледелие было основой жизни. В некоторых областях существовало и нецерковное имя Перегной — им могли назвать ребенка, родившегося в период внесения удобрений, или просто «для отвода глаз» от нечистой силы. Версия, что фамилия происходит от слова «гной» в медицинском смысле, маловероятна: в таком случае форма была бы Гноев, а приставка «пере-» указывает именно на переработку, доведение до нужной кондиции.

Редкость фамилии объясняется специфичностью прозвища — не всякий хотел, чтобы его называли «навозом», даже в переносном значении. Однако в крестьянском мире это было скорее почетно: хороший перегной — залог урожая. Таким образом, предок Перегноевых был не кем-то нечистым, а, напротив, рачительным хозяином, знающим толк в земле.