Фамилия Перегонов — редкий случай, когда прозвище или ремесло не лежат на поверхности. Первое, что бросается в глаза: суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель («чей?» — сын Перегона). Но что такое «Перегон»? Здесь возможны два совершенно разных пути.

Самая прямая версия — прозвище Перегон, данное человеку, который занимался перегоном, то есть транспортировкой. В старину «перегонять» могли скот (гурты лошадей или коров на ярмарку), лес (сплав) или даже баржи по реке. Такой человек был «перегонщиком», а в быту его могли прозвать просто Перегоном. Фамилия, образованная от подобного занятия, — не редкость, но в случае с Перегоновым она не так очевидна, как, скажем, Кузнецов или Мельников.

Вторая версия — отчество от нецерковного имени Перегон. В древнерусской традиции имя могли дать по какому-то событию или качеству: например, «перегон» в диалектах означало «перевес», «победу в состязании». Или же имя могло быть связано с процессом перегонки (винокурения) — «перегонять брагу». В этом случае прозвище закреплялось за самим винокуром. Обе версии правдоподобны, но первая (профессиональная) встречается в ономастике чаще, так как фамилии от названий занятий давали напрямую, без промежуточного имени.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине. Встречается в воронежских, ростовских и кубанских архивах. Это косвенно подтверждает «перегон скота»: именно в степных регионах перегон лошадей и крупного рогатого скота на дальние расстояния был обычным промыслом. Также стоит отметить, что форма Перегонов — вторичная, «обрусевшая»; на Украине чаще встречается вариант Перегон (без суффикса) или Перегоненко.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) Перегонов не относится к числу самых распространённых, но его корень прозрачен. Социальный состав носителей, скорее всего, был крестьянским или казачьим — ремесло перегонщика не требовало ни знатного происхождения, ни оседлости. В XIX веке фамилия могла закрепиться за отставными солдатами или вольными поселенцами, которые занимались извозом или скотоводством.