Фамилия Перегонко — яркий пример украинской модели фамилий на -ко. Этот суффикс в украинской ономастике был чрезвычайно продуктивным: он присоединялся к основам прозвищ, профессий и личных имён, образуя фамилии, которые буквально означали «сын такого-то» или «носитель такого-то признака». В русском языке такой способ словообразования почти не использовался, поэтому Перегонко — стопроцентный маркер украинского происхождения, скорее всего, с Левобережья или Слобожанщины.

Основа фамилии — глагол «перегонять» или существительное «перегон». В доиндустриальной деревне «перегоном» называли не только процесс перемещения скота, но и расстояние между двумя остановками в пути, а также особый вид работы: перегонку (например, дёгтя или спирта). Однако прозвище Перегонко могло закрепиться за человеком по-разному. Самая вероятная версия — профессиональная: предок занимался перегоном скота (гуртоправ, гуртовщик), что было распространённым занятием на юге Украины. Вторая версия — прозвище по характеру: «перегонять» в переносном смысле означало «опережать, обходить», то есть Перегонко мог быть очень быстрым или удачливым человеком. Третья, более редкая, — прозвище могло возникнуть у винокуренных дел мастера, занимавшегося перегонкой браги.

Интересно, что фамилия не имеет русского аналога с тем же корнем и суффиксом. В русской традиции от той же основы образовались бы фамилии Перегонов или Перегонский. Сама форма на -ко, усечённая и лаконичная, говорит о том, что фамилия сложилась в среде казачества или крестьянства, где такие «полуфамилии» часто фиксировались в реестрах как личные прозвища, а затем передавались по наследству без изменений. Встречается фамилия и с ударением на последний слог — Перегонко́, что типично для южных говоров.

Таким образом, Перегонко — это фамилия-профессия или фамилия-качество, которая чётко указывает на украинские корни и, скорее всего, на занятие предка, связанное с перемещением чего-либо или опережением других.