Фамилия Перегон — редкий случай, когда основа слова сохранила прямую связь с действием, а не с предметом или именем. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от профессий (Кузнецов, Плотников) или прозвищ по внешности (Беляев, Кривошеин), Перегон указывает на занятие, связанное с перемещением. Скорее всего, предок был погонщиком скота: перегонял лошадей, коров или овец с одного пастбища на другое, к месту продажи или на ярмарку. В условиях скотоводческих регионов России — южные степи, Поволжье, Сибирь — это было полноценное ремесло, требовавшее выносливости и знания дорог.

Словообразовательная модель проста и прозрачна: основа глагола «перегонять» (перегон-) плюс нулевой суффикс. Такая бессуффиксная модель типична для прозвищ, которые затем закрепились как фамилии: например, Скоробогатов, Убийца (редко), или просто Гон. Исходное прозвище Перегон могли дать человеку, который часто и подолгу находился в пути со скотом, или тому, кто славился умением быстро и без потерь доставлять животных. Менее вероятна, но возможна версия, что прозвище получил ямщик или возчик, занимавшийся перегоном грузов на лошадях — хотя для этого чаще использовали слово «гонщик» или «ямщик».

Суффикса в фамилии нет — это так называемая «чистая основа». Окончание -ов, как в подавляющем большинстве русских фамилий, появилось позже, при оформлении в официальный документ: «чей? — Перегонов сын», то есть сын Перегона. В некоторых диалектах и старых записях фамилия могла фиксироваться без окончания — как Перегон, что и стало современной литературной формой.

Географически фамилия редкая. Встречается в основном на юге России и в Сибири — в тех местах, где скотоводство было основой хозяйства. В центральных губерниях, где преобладало земледелие, фамилия почти не фиксируется. Это косвенно подтверждает связь с перегоном скота, а не с, скажем, винокурением (перегонка самогона), хотя и такая версия имеет право на существование: в отдельных говорах «перегон» означало самогонный аппарат или процесс перегонки. Но для прозвища такой вариант менее типичен — скорее, его дали бы по действию, а не по предмету.

Сравнение с однокоренными фамилиями показательно: Перегонов (более распространённый вариант, с суффиксом -ов), Перегонный, Перегонцев (от «перегонщик»). Все они указывают на одно и то же занятие, но Перегон — самая лаконичная и древняя форма, без лишних формантов. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные примеры разбираются в разделе фамилий от прозвищ по роду деятельности, и фамилия Перегон вписывается в эту группу как типичный случай профессионального прозвища, застывшего в именительном падеже.