Фамилия Перегудра — один из тех редких случаев, когда основа слова сохранилась почти без изменений, а фамильное окончание отсутствует. Это так называемая «застывшая» форма прозвища, не переоформленная суффиксами -ов, -ин или -ский. Такое встречается в основном у украинских, белорусских и южнорусских фамилий (например, Дериземля, Непийвода, Забейворота). Перегудра стоит в том же ряду: это не «чей-то», а «тот, кого так прозвали».

Корень слова — «перегуд». В русских говорах «гудеть» означает издавать протяжный низкий звук, а «перегудить» — переиграть на гудке, перекричать или, в переносном смысле, переговорить, переспорить. Суффикс -р- в подобных прозвищах нередко придаёт оттенок деятеля или орудия действия (сравните: «гудеть» — «гудра»). Таким образом, Перегудра — это, скорее всего, человек с громким голосом, задира или спорщик, который всех «перегудел». Вторая возможная, но менее вероятная версия — связь с украинским «перегуда» (пересуды, сплетни), тогда прозвище мог получить любитель посудачить.

Географически фамилия тяготеет к западу и югу России: наиболее ранние упоминания встречаются в документах Курской и Воронежской губерний, а также на Украине. В XIX веке носители фамилии — в основном государственные крестьяне и однодворцы, то есть люди, жившие на пограничье и сохранившие в быту старые прозвищные формы.

С точки зрения словообразования, фамилия уникальна тем, что не прошла стандартную русификацию. Если бы предка записали как «Перегудров», фамилия потеряла бы свою выразительность и слилась бы с массой. Перегудра же — живое напоминание о том, что в основе фамилии лежит не имя, а яркая характеристика человека.