Фамилия Перепупппченков — редкий случай, где написание почти кричит о своём происхождении. Двойное «п» в корне и сдвоенное «ч» в суффиксе — не опечатка, а, скорее всего, результат народной этимологии и фиксации сложного произношения. В основе лежит слово «пуп» — древнее, общеславянское, означавшее не только часть тела, но и центр, середину, «пуп земли». Приставка «пере-» указывает на действие через край или повторность: «перепупить» — значит сделать пупок заново, перевязать пуповину, а в переносном смысле — переделать, перекроить.

Модель образования здесь нестандартная. Обычная фамилия на -ов от прозвища Перепупок дала бы «Перепупков». Но мы видим наращение -ппченков, которое можно объяснить по-разному. Первая версия: прозвище «Перепуппка» — человека с заметным, выпуклым пупком или с грыжей, которую в народе называли «пуп». Говорили: «У него пуп перепупился», то есть выпятился. Такое прозвище записали на слух, с усилением согласных, и оформили суффиксом -енков (уменьшительная форма отчества). Вторая версия: основа — глагол «перепуппчить» (диалектный вариант «перепупить»), означавший «перевязать пуповину» у новорождённого. Тогда фамилия могла принадлежать потомку повитухи или знахаря, который этим занимался.

Суффикс -енков типичен для южнорусских и украинских земель, особенно для бывших Курской, Воронежской, Харьковской губерний. Там фамилии на -енков, -ченков образовывали от имён и прозвищ с окончанием на -а, -я. Встречается и вариант написания через одно «п» — Перепупченков, но двойное «п» не случайно: оно могло закрепиться в документах, чтобы подчеркнуть ударный второй слог (ПерепУппченков), а не ПерепупчЕнков.

Сравните с однокоренными: Пупов, Пупин, Пупавкин, Перепупов. Все они указывают на прозвище, связанное с внешностью или профессией. Фамилия Перепуппченков стоит особняком из-за своей громоздкой фонетики — она словно «спотыкается» на сдвоенных согласных, что выдаёт устное, диалектное происхождение. Носителей её немного, и география, скорее всего, ограничена югом России. Никакой связи с дворянством или знаменитыми родами здесь нет — это чисто крестьянская фамилия, родившаяся из меткого деревенского слова.