Фамилию Перхальський логичнее всего разбирать не с корня, а с суффиксальной модели. Типичный суффикс -ськ(ий) указывает на географическое или топонимическое происхождение: такую фамилию получал либо владелец села или поместья, либо человек, переселившийся из места с названием Перхаль, Перхалы или Перхальце. В польской и западноукраинской ономастике фамилии на -ський (польск. -ski) были распространены среди шляхты, но со временем их носили и крестьяне, взявшие фамилию по названию родной деревни.

Основа Перхаль- скорее всего восходит к прозвищу или личному имени. Самый прямой вариант — от древнего славянского имени Перх (уменьшительная форма от Перфилий или Парфений), с добавлением уменьшительного суффикса -аль. В старых актах встречаются формы Перх, Перхун, Перхута — все они ведут к греческому имени Парфений («девственный»), которое на русской почве дало Парфен, а в просторечии — Перх. Таким образом, Перхаль — это «маленький Перх» или «сын Перха».

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с глаголом «перхать» (кашлять, отхаркивать). В этом случае Перхаль означало бы человека с хриплым голосом или кашлем. Однако для фамилий на -ський такое прозвище в чистом виде — редкость: обычно сначала возникало прозвище Перхаль, а от него — название села Перхальце, и уже оттуда — фамилия Перхальський.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам Украины: Волынь, Подолье, Галичина. В польских метриках XVIII–XIX веков встречаются записи Perchalski — с латинским написанием, что подтверждает католическое или униатское происхождение части носителей. В России фамилия практически не фиксировалась, что дополнительно указывает на её западнорусские корни.

Сравните с однокоренными фамилиями: Перхин, Перхуров, Перхальцев. Последняя — прямой аналог Перхальського, но с русским суффиксом -ев. Обе фамилии образованы от одного прозвища, но разными путями: одна через топоним, другая через отчество.