Фамилия Пермакова — женская форма от Пермаков, и её происхождение не такое очевидное, как может показаться. В основе лежит прозвище или мирское имя Пермак, которое, скорее всего, связано с этнонимом «пермяк» — житель Перми или Пермской земли. В старину так называли выходцев с Урала, и прозвище закреплялось за человеком, который переселился в другой регион и сохранил память о родине. Суффикс -ак (-як) в русских фамилиях часто указывает на принадлежность к местности или народу: поляк, сибиряк, туляк. Пермак — это «пермяк» в диалектном произношении, где мягкий звук «р» перешёл в твёрдый.

Модель образования типична для русских фамилий: основа Пермак- плюс суффикс -ов, указывающий на принадлежность («сын Пермака»). Женская форма Пермакова — это «дочь или жена Пермакова». Географически фамилия встречается редко и сосредоточена в основном на севере европейской части России и в Приуралье, что подтверждает связь с пермскими землями. Встречаются варианты написания через «е» — Пермяков, но Пермаков — более локальный, диалектный вариант, закрепившийся в документах.

Есть и другая, менее вероятная версия: от тюркского имени или прозвища, где корень «пер» мог означать «один» или «первый», а «мак» — уменьшительный суффикс. Но для русской ономастики такое объяснение натянуто, так как фамилия не имеет следов тюркского влияния в суффиксе и бытует в исконно русских областях. Скорее всего, предки носителей фамилии Пермаковы — крестьяне или посадские люди, переселившиеся из Пермского края в центральные губернии, и прозвище закрепилось за ними как родовое имя.