Фамилия Пермогоров — один из тех случаев, когда географическое название напрямую «прописалось» в родовом имени. В основе лежит название населённого пункта Пермогорье. Это старинное село в Архангельской области, на левом берегу Северной Двины. Житель такого села в документах XVII–XVIII веков записывался как «Пермогорец» или «Пермогор», а его сын уже получал фамилию Пермогоров.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — сын Пермогора). Само название Пермогорье — составное, от «Пермь» (древнее название финно-угорской территории, от вепсского «perämaa» — «дальняя земля») и «гора». То есть буквально — «гора в Пермской земле». Парадокс в том, что Пермогорье находится не в современном Пермском крае, а на севере, в зоне древнего расселения новгородцев, которые перенесли топоним на новые места.

Интересно, что фамилия не получила широкого распространения за пределами Русского Севера — она осталась локальной, характерной в основном для Поморья и бассейна Северной Двины. Это отличает её от «массовых» географических фамилий вроде Московских или Казанских: Пермогоровы — потомки узкой группы людей, выходцев из одного села. Встречается также вариант написания с одной «р» — Пермогоров, что связано с просторечным произношением названия.

В крестьянской среде Поморья фамилии часто закреплялись за целыми семьями именно по месту выхода, особенно если род переселялся в другой приход или на новое место. Поэтому предки современных Пермогоровых с высокой вероятностью были государственными (черносошными) крестьянами, пахарями или речниками, жившими на Двине. Никакого отношения к пермским горнозаводским рабочим или купцам фамилия не имеет — это чисто северорусский, архангельский след.