Фамилия Пермянин образована от прозвища Пермянин, которое в XVI–XVII веках давали выходцу с территории Перми Великой или Пермского края. В основе лежит этноним «пермяк» или «пермянин» — так называли жителей этих земель, относящихся к финно-угорской группе народов (коми-пермяков). Фамилия относится к «географическому» типу: предок носителя получил прозвище по месту, откуда он пришёл на новое место жительства.

Интересная особенность этой фамилии — её суффикс. В отличие от распространённых патронимических суффиксов -ов, -ев или -ин, фамилия Пермянин сохранила форму прямого прозвища без добавочного окончания. Это указывает на то, что фамилия могла закрепиться в крестьянской среде Русского Севера или Приуралья, где такие «чистые» прозвища-фамилии встречались чаще, чем в центральных губерниях. В официальных документах XVIII–XIX веков её могли записать как Пермянинов, но в народе удержалась более короткая форма.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Пермяков, Перминов, Пермяк — показывает разные модели словообразования. Пермяков — патроним на -ов, Перминов — притяжательное прилагательное от имени Пермин (гипокористика от Пермь), а Пермяк — прямое прозвище. Фамилия Пермянин стоит особняком: она не указывает на родство (чей сын?), а фиксирует самого человека как «пермянина». Такие фамилии реже встречаются в общерусском списке, поэтому их легче привязать к конкретной местности бытования.

Ономасты (в частности, Б. Унбегаун в «Русских фамилиях») относят подобные образования к разряду этнических прозвищ, которые могли давать и человеку, внешне или по говору напоминавшему пермяка, даже если он родился в другом регионе. Однако для фамилии Пермянин более вероятна прямая географическая привязка: предок действительно переселился из Пермского края, например, в ходе колонизации Сибири или Урала в XVII веке.

Сословная принадлежность носителей фамилии неоднородна: в переписных книгах встречаются как государственные крестьяне, так и купцы. Известных исторических личностей с этой фамилией нет в широком доступе, что типично для «простых» географических прозвищ, которые не давали привилегий и не попадали в родословные книги дворянства. Фамилия сохранилась в основном в Пермском крае, Кировской области и Удмуртии, что подтверждает её локальный характер.