Фамилия Пертковы — одна из тех, что ставит перед исследователем сразу несколько загадок. Её основа, «Пертк-», не лежит на поверхности, как, скажем, Кузнецов или Попов. Чтобы понять её происхождение, нужно разобраться в том, как работала русская ономастика с иноязычными и редкими корнями.

Первое, что бросается в глаза, — суффикс -ов, который указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — Пертков. Это значит, что в основе фамилии лежит прозвище или некалендарное имя Пертко. Слово «перт» в русских говорах имеет несколько значений, и самое вероятное из них связано с ремеслом. В диалектах северо-запада, особенно в псковских и новгородских землях, «перт» — это вид ножа или инструмента для строгания, а также, по некоторым данным, название для деревянного долота. Человек, которого прозвали Пертко, мог быть плотником, бондарем или резчиком по дереву, то есть мастером, работавшим таким инструментом.

Менее распространённая, но тоже возможная версия связывает фамилию с личным именем Пётр. В некоторых говорах имя Пётр могло звучать как Перт, а уменьшительная форма — Пертко. В таком случае Пертков — это «потомок Петра». Однако эта гипотеза слабее: от имени Пётр чаще образовывались фамилии Петров, Петрухин, Петриков, а форма Пертко характерна именно для диалектной, «простоватой» речи, что скорее указывает на прозвище, а не на крестильное имя.

Есть и третий, более экзотический вариант. В некоторых регионах (например, на Урале или в Сибири) слово «перт» могло означать «запруда», «плотина» или «мельничный ларь». Тогда Пертко — это прозвище мельника или человека, жившего у такой запруды. Но эта версия менее документирована.

Географически фамилия Пертковы тяготеет к северо-западным областям России — Псковской, Новгородской, отчасти Тверской. Именно там зафиксированы диалектные значения слова «перт» в значении инструмента. Встречается она и в среде старообрядцев, которые нередко сохраняли архаичные прозвища. Сословно Пертковы, скорее всего, происходили из крестьян или ремесленников, что подтверждает отсутствие в фамилии дворянских формантов.

Таким образом, с наибольшей вероятностью фамилия Пертковы происходит от прозвища Пертко, данного мастеровому человеку, работавшему с плотницким или столярным инструментом. Это редкий случай, когда фамилия прямо указывает на конкретное орудие труда, а не на профессию в целом.