Фамилия Пертькова — женская форма, а мужская, Пертьков, образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от прозвища или имени, оканчивающегося на твёрдый согласный, с помощью суффикса -ов. Значит, предок носителя этой фамилии звался Пертько. Само имя или прозвище Пертько — это, скорее всего, производная форма от канонического имени Петр. В русских говорах имя Петр давало множество уменьшительных вариантов: Петька, Петруня, Петряй, а также Перша (отсюда Першин) и Пертько. Переход «т» в «р» (Петр — Пертько) — явление нередкое в живой народной речи, как, например, в фамилиях Першин или Перфильев (от Перфилий вместо Порфирий).

Суффикс -к- в основе Пертько указывает на уменьшительно-ласкательную или обиходную форму. Носитель такого прозвища мог быть сыном Петра, которого в семье или в деревне звали Пертькой. Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где подобные фонетические варианты имени Петр встречались чаще. В документах XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с именем Пертька, что подтверждает бытование этой формы в среде простого сословия.

Вторая, менее вероятная версия связывает основу с диалектным словом «перть» — так в некоторых говорах называли узкий проход, тропинку или даже небольшую избушку. В этом случае прозвище Пертько мог получить человек, живший в тесном помещении или на отшибе, у узкой дороги. Но поскольку имя Петр было чрезвычайно популярно на Руси, первая версия — от крестильного имени — выглядит намного убедительнее.

В написании фамилии возможна путаница с похожей по звучанию, но иной по происхождению фамилией Пертюков (от имени Пертюк, тоже вариант Петра). Однако Пертькова четко сохраняет твердый суффикс -ов-, что указывает на исходную форму Пертько, а не Пертюк. Таким образом, предки Пертьковых — это люди, чьего отца или деда в обиходе звали Пертькой, то есть попросту Петром.