Фамилия Пержигалинская — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает прозвищное. Её основа — не имя и не ремесло, а топоним, и суффикс -ск- это подтверждает. Такие фамилии обычно получали дворяне, помещики или духовенство по названию своего имения или прихода, но в XIX веке их могли давать и простым крестьянам, переселившимся из конкретного села. Ключ к разгадке — корень Пержигалин-.

Скорее всего, в основе лежит название населённого пункта вроде Пержигалино или Пержигалин. Такие названия встречаются в польском и западнорусском пограничье. Первая часть — Перж- — может восходить к польскому «перж» (перец) или к глаголу «пержиць» (жарить, палить). Вторая часть — -галин- — тёмная. Возможно, это искажённое «глина» (Пержигалино — «выжженная глина», место, где жгли известь или кирпич) либо диалектное прозвище человека. Точнее сказать трудно: топонимика этого региона запутана из-за смешения языков.

Модель образования проста: от названия села (Пержигалино) образовали притяжательную форму на -ск- с окончанием -ая. В женском роде фамилия закрепилась как Пержигалинская, мужской вариант — Пержигалинский. Поскольку фамилия оканчивается на -ский/-ская, её носители в Российской империи чаще всего принадлежали к шляхте, польской мелкопоместной знати, или к духовному сословию. Дворяне брали фамилию по своему поместью, а священники — по названию храма или села, где служили. Если предки были крестьянами, фамилия могла возникнуть поздно, после отмены крепостного права, когда бывшим помещичьим крестьянам массово давали фамилии по месту их прежнего жительства.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Пержигалин, Пержигальский) показывает, что вариант с -ская — самый редкий. Встречается он почти исключительно в западных областях: в Беларуси, на Украине, в Польше и в прилегающих регионах России. Носительницы фамилии Пержигалинская, скорее всего, имеют корни из этих мест, и их предки жили в деревне или усадьбе, название которой со временем стёрлось с карты.