Фамилия Петкунас — литовского происхождения, что сразу заметно по форманту -ас. В русском языке фамилии на -ас, -ис, -ус обычно передают балтское наследие: это не суффикс в привычном славянском понимании, а окончание мужского рода в литовском языке. Основа фамилии — Petk- — восходит к литовскому личному имени Petras (Пётр). То есть Петкунас — это вариант отчества или фамилии, образованной от уменьшительно-ласкательной формы имени Пётр.

Модель образования простая: к основе Petk- добавлен суффикс -ūn- (в русской передаче -ун-), который в литовском языке часто указывает на принадлежность или происхождение — «сын Петраса», «потомок Пятраса» или «маленький Пётр». Получается, что Петкунас в буквальном смысле означает «Петрович» или «Петров внук», но с местным, балтским колоритом. В Литве такие фамилии на -ūnas встречаются повсеместно, особенно в северных и восточных регионах, где сильна традиция патронимических форм.

В русском контексте фамилия Петкунас — пример адаптации литовской фамилии без русификации: окончание -ас сохранилось, что указывает на сравнительно позднее вхождение в русскую среду, вероятно, в XIX–XX веках, когда фамилии уже фиксировались в документах без переделки на славянский лад. Носители фамилии могли быть выходцами из Жемайтии или Аукштайтии, где имя Petras было одним из самых распространённых.

Интересная деталь: в Литве существует параллельная фамилия Petkūnas с долгим ū, что в русской записи иногда передаётся как Петкунас (с одним «у»), а иногда как Петкуунас — но второй вариант встречается редко. В любом случае, корень один, и связь с именем Пётр не вызывает сомнений. Социальный статус предков по фамилии не определяется — среди литовских крестьян и горожан такие отчества носили все сословия, без привязки к знатности или ремеслу.