Фамилия Певунинский — редкий случай, когда суффикс -ский присоединился не к географическому названию, а к прозвищу или профессиональному имени. Вопреки распространённому мнению, что фамилии на -ский в основном дворянские или польские, Певунинский явно позднего происхождения, скорее всего, из духовного сословия. В семинарской среде такие фамилии часто давали «искусственно»: брали яркое слово или прозвище и добавляли к нему «благородный» суффиксальный формант, чтобы фамилия звучала внушительнее.

Основа здесь — «певун». Певуном в северных и центральных говорах называли не просто певчего, а человека, который поёт звонко, заливисто, возможно, с припевками, частушками, на свадьбах или посиделках. То есть это не столько церковный певчий (для него было бы слово «певец» или «певчий»), сколько народный исполнитель, балагур с голосом. Суффикс -ин- в слове «Певунин» — притяжательный: «сын Певуна». А уже от этой формы («Певунин») образовали фамилию с типичным семинарским суффиксом -ский. Получилось что-то вроде «Певунинский» — то есть «из рода Певуниных», но записанное по книжному образцу.

Есть и другая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть от названия деревни или хутора Певунино (такие встречаются в Костромской и Вологодской областях). Но в этом случае форма была бы «Певунинский» как указание на выходца оттуда. Однако, учитывая редкость фамилии и отсутствие крупных топонимов с таким корнем, версия с прозвищем кажется правдоподобнее. К тому же, в ономастических словарях Б. Унбегауна и В. Никонова подобные модели описаны: от прозвища через притяжательное прилагательное к фамилии на -ский — типичный путь для поздних искусственных фамилий, особенно в среде сельского духовенства XIX века.

Сословно носители фамилии Певунинский — почти наверняка потомки священно- или церковнослужителей. Семинаристы нередко получали фамилии, образованные от местных прозвищ или профессий их отцов, чтобы подчеркнуть происхождение, но в «приличной» форме. Так что предок современного Певунинского, скорее всего, был либо весёлым певчим дьячком, либо просто голосистым крестьянином, чей сын пошёл по духовной линии и при регистрации получил фамилию, увековечившую отцовское прозвище.