Фамилия Пфрецкий — редкий случай, когда русская модель словообразования наложилась на немецкую основу. Судя по всему, перед нами фамилия немецкого происхождения, адаптированная на славянской почве. Корень «Пфрец-» восходит к немецкой фамилии Pfretz или Pfretzschner, которая, в свою очередь, связана с названием местности или профессией. В немецких диалектах слово «Pfretze» могло означать «плеть» или «кнут» (от средневерхненемецкого «pfrieme» — шило, но такое значение менее вероятно). Более правдоподобная версия — топонимическая: Pfretz — это вариант написания названия баварского города Пфрец (Pfrets), что делает Пфрецких потомками выходцев из этого места. Однако есть и другая, более интересная гипотеза: фамилия могла произойти от немецкого «Pfretzschner» — так называли человека, занимавшегося изготовлением плетей, кнутов или ременной упряжи (профессиональное прозвище).

Суффикс «-цкий» в русском языке традиционно указывает на дворянское или шляхетское происхождение, но здесь он, скорее всего, сыграл роль русификатора. Немецкие колонисты, переселявшиеся в Российскую империю в XVIII-XIX веках, часто получали или сами себе придумывали фамилии с окончанием «-ский», чтобы звучать более привычно для русского уха и вписаться в местную сословную иерархию. Так Pfretz превратился в Пфрецкий — фамилию, которая одновременно сохраняла память о немецких корнях и давала носителю статус, близкий к польскому или малороссийскому шляхтичу. Не исключено, что предок Пфрецких был обрусевшим немцем, служившим, например, в армии или на государственной службе, где требовалась фамилия, понятная русскому начальству.

Географически фамилия встречается крайне редко, преимущественно в западных регионах бывшей Российской империи — на Волыни, в Подолье, а также в Поволжье, где существовали компактные немецкие колонии. В современной России носители Пфрецких единичны, что делает фамилию почти уникальной. Если проводить аналогии, то однокоренными можно считать фамилии Пфретцнер, Пфрецшнер и просто Пфрец — все они восходят к тому же немецкому корню. Таким образом, Пфрецкий — это не столько «кнутобой» или «выходец из Пфреца», сколько свидетельство сложного процесса ассимиляции немецких переселенцев, которые, меняя язык и обычаи, оставляли себе память о родине в виде необычной для русского уха основы.