Фамилия Пидота — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение неочевидно. В ней нет типичных русских фамильных суффиксов (-ов, -ин, -ский), что сразу наводит на мысль: перед нами не «фамилия сына», а застывшее прозвище в чистом виде. Основа — «пидот(а)» — не встречается в современных словарях как нарицательное слово, поэтому ищем корни в диалектах или заимствованиях.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с украинским или южнорусским диалектным словом «пид» — «под» (ср. украинское «пiд»). В таком случае «пидота» могло означать «тот, кто под кем-то» — человека зависимого, подневольного, возможно, батрака или младшего по положению. Суффикс -от(а) в русских прозвищах встречается редко, но он придаёт слову оттенок собирательности или пренебрежительности (сравните: «голота», «беднота»). Таким образом, Пидота — прозвище, данное человеку из низов, «подлого» сословия.

Вторая, менее распространённая гипотеза — связь с польским «pędota» (от «pędzić» — гнать, спешить) или чешским «pidit» — торопиться. В этом случае прозвище могло характеризовать суетливого, торопливого человека. Однако фонетически форма «Пидота» ближе к восточнославянским говорам, чем к западнославянским, поэтому эта версия слабее.

Географически фамилия встречается единично, преимущественно на западе России и в украинских областях, граничащих с Польшей. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках она почти не фиксируется, что указывает на её позднее возникновение или крайнюю малочисленность рода. Сословная принадлежность предков, скорее всего, — крестьяне или мещане, поскольку прозвище с уничижительным оттенком вряд ли дали бы дворянину или купцу.

Итог: фамилия Пидота — прозвищная, образованная от диалектного слова со значением «низший, подчинённый» (или, реже, «торопыга»). Она не имеет отношения к современной обсценной лексике (связь случайна и возникла позже). Носители фамилии — потомки простых людей, получивших меткое бытовое прозвище, которое со временем закрепилось как родовое имя.