Фамилия Пипота — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа, суффикс и даже звучание заставляют искать нестандартные объяснения. Начать стоит с того, что окончание -а в русских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин, и часто указывает на украинское, белорусское или польское влияние. В украинской ономастике фамилии на -ота (Пипота, Голота, Дремота) образованы от прозвищ, характеризующих внешность, поведение или род занятий.

Прямого и очевидного корня «пипот» в русском литературном языке нет. Наиболее правдоподобная версия связывает основу с диалектным глаголом «пипотать» или «пипетать» — в некоторых южнорусских и украинских говорах это означало «лепетать», «говорить невнятно», «бормотать». Прозвище Пипота могли дать человеку с неразборчивой речью, тихоне или тому, кто много говорил себе под нос. Такие прозвища по речевым особенностям — распространённый источник фамилий (сравните Болтунов, Шептун, Ворчун).

Суффикс -ота в славянских языках образует существительные со значением действия или состояния: «дремота», «золотьба», «работа». Если принять версию с глаголом «пипотать», то Пипота — это человек, который постоянно «пипочет», то есть бормочет. Модель типична для украинской фамильной системы: прозвище без патронимического суффикса просто закрепилось как фамилия. Встречаются и родственные варианты — Пипот, Пипотенко, Пипотюк, что подтверждает бытование основы на западе и юге Восточной Европы.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с польским pipotać («пищать», «чирикать»). В этом случае фамилия могла принадлежать птицелову или человеку с тонким, высоким голосом. Однако в польских фамилиях чаще встречаются формы на -ский, -ич или -ак, а Пипота выглядит скорее восточнославянской.

Географически фамилия сегодня фиксируется в основном на Украине и в приграничных регионах России (Курская, Белгородская области). В дореволюционных переписях носители могли значиться среди мещан или казаков, но сословная привязка неочевидна — прозвище не указывает на принадлежность к духовенству или дворянству. Известных исторических личностей с этой фамилией нет, что делает её типичным примером «народной» фамилии, возникшей из бытового прозвища в крестьянской или ремесленной среде.