Фамилия Пипотя — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней нет ни типичного русского суффикса -ов/-ев, ни -ин, что сразу указывает на её возможную нерусскую или диалектную основу. Скорее всего, это украинская, белорусская или южнорусская фамилия, образованная от прозвища без дополнительного патронимического суффикса.

Разберем основу. Слово «пипотя» или «пипоть» в народных говорах могло означать нечто маленькое, невзрачное или, наоборот, суетливое. В украинском языке «піпот» — это пыль, мелкий сор. Отсюда прозвище Пипотя могли дать человеку невысокого роста, щуплому, либо тому, кто постоянно возится с мелочами, «пылит» без толку. Есть и другая версия: связь с диалектным глаголом «пипотать» — бормотать, говорить невнятно или быстро. В таком случае прозвище получил неразборчивый говорун.

Третья, менее очевидная гипотеза — связь с уменьшительной формой крестильного имени. В некоторых регионах «Пипотя» могло быть домашним прозвищем от имени Пётр (через цепочку Петро — Петруня — Потя — Пипотя), но это спорно: слишком много промежуточных звеньев.

Географически фамилия встречается в основном на западе Украины и в приграничных районах Беларуси, что подтверждает её западнорусское происхождение. В дореволюционных метриках она почти не фиксируется — это указывает на то, что носители были из крестьян или мещан, чьи фамилии долго оставались неофициальными уличными прозвищами и оформились поздно.

Уникальность фамилии в её суффиксальной модели: окончание -я (Пипот-я) — характерно для украинских и белорусских прозвищных фамилий, которые не прошли стадию русификации через -ов. Такие фамилии (как Мазепа, Голота, Тетеря) часто сохраняют исходное звучание прозвища и позволяют судить о диалекте, в котором оно возникло.