Фамилия Пиптя — редкий случай, когда фамилия почти наверняка произошла не от имени или профессии, а от прозвища, построенного на звукоподражании. В русском языке слово «пиптя» или «пиптяй» в диалектах означало нечто маленькое, невзрачное, а иногда — забавного, неуклюжего человека. Сравните с диалектным «пипка» (небольшой предмет, отросток) или глаголом «пипеть» (издавать тонкий звук). Скорее всего, прозвище Пиптя дали либо человеку маленького роста, либо тому, кто говорил пискляво и быстро.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Фамилия застыла в форме исходного прозвища без типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Это характерно для украинской или белорусской традиции, где фамилии нередко оставляли в чистом виде (сравните: Шумейко, Непийвода). Встречаемость фамилии Пиптя крайне низкая, основные следы ведут в западные регионы бывшей Российской империи — современную Украину и Беларусь. В польском языке есть похожее «pipcia» — ласковое обозначение маленького ребенка или цыпленка, что также могло повлиять на возникновение фамилии в приграничных зонах.

Версия о происхождении от тюркского корня (например, от слова «пип» — свистеть) менее правдоподобна, так как фамилия не имеет характерных тюркских аффиксов и не фиксируется в южных степных регионах. Скорее всего, предки носителя фамилии были крестьянами или мещанами из западных губерний, а прозвище закрепилось за ними в документах XVIII–XIX веков, когда фамилии массово записывали со слов самих крестьян. Необычное окончание на «-я» делает фамилию несклоняемой в мужском варианте, что тоже говорит о её позднем, «прозвищном» происхождении.