Фамилия Пигонина — женская форма фамилии Пигонин, и её разбор стоит начать с мужского варианта, так как в русской традиции фамилии на -ин образовывались от основ, оканчивающихся на -а или -я. Пигонин, скорее всего, восходит к прозвищу или имени Пигоня. Это слово в русских говорах имело несколько значений, и чтобы понять, какое из них легло в основу, нужно заглянуть в диалектную лексику.

В словаре Владимира Даля «пигоня» — это просторечное название пискаря, мелкой рыбёшки. В переносном смысле так могли назвать невысокого, юркого или суетливого человека. Однако есть и другая версия: в некоторых областях «пигоней» называли забияку, драчуна — слово могло быть родственно глаголу «пинать». Тогда прозвище носило бы более активный, даже агрессивный оттенок. Третья, менее вероятная гипотеза — связь с каноническим именем Пимен (в просторечии — Пименя, Пигоня), но это всего лишь предположение, так как фонетический переход «м» в «г» для русских говоров нетипичен.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Пигонин буквально означал «сын Пигони» или «человек из семьи Пигони». Такая модель была одной из самых распространённых в северных и центральных регионах России, особенно в среде крестьян и посадских людей. Фамилия недворянская, скорее всего, закрепилась за простыми людьми — рыбаками, ремесленниками или крестьянами, получившими прозвище по своей внешности или поведению.

Географически фамилия Пигонин (и, соответственно, Пигонина) встречается в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает её народное, неаристократическое происхождение. Встречаются и варианты написания с двойной «н» — Пигоннин, но это уже более поздняя канцелярская ошибка или попытка «улучшить» звучание. Если ваша фамилия Пигонина, то ваш предок, скорее всего, был либо невысоким и подвижным человеком, либо, наоборот, задирой — в зависимости от того, какое значение слова «пигоня» было в ходу в его местности.