Фамилия Пилишкин образована от прозвища Пилишка, и здесь есть несколько версий, которые стоит разобрать по порядку. Наиболее вероятное объяснение — связь с глаголом «пилить». Прозвища такого типа относились к «профессиональным» именованиям: они указывали на род занятий. Предок Пилишкиных мог быть лесорубом или плотником, и окружающие закрепили за ним прозвище по инструменту или работе.

Вторая гипотеза отталкивается от глагола «пиликать», то есть плохо, фальшиво играть смычком. Так могли прозвать человека, у которого не ладилось обучение игре на скрипке. Версия правдоподобна, но менее убедительна: прозвища, данные по неудачному музицированию, встречаются реже, чем связанные с ремеслом. Поэтому версия с плотником или лесорубом выглядит предпочтительнее.

Есть и третье предположение — топонимическое. Прозвище Пилишка могли дать выходцу из местечка Пилишки (Пилишку) в Латвии. Исследователи возводят этот топоним к литовскому pilis — «замок, город». Если следовать этой версии, основатель рода Пилишкиных был переселенцем из того населённого пункта, и прозвище закрепилось за ним как указание на место происхождения.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Пилишкин — это «сын Пилишки». Такая модель широко распространена в русской ономастике, особенно в северных и центральных областях, где отчество и прозвище с суффиксом -ин вытесняли более редкие формы.

Фамилия Пилишкин — самобытный памятник славянской культуры, но точное время и место её возникновения назвать сложно. Процесс формирования фамилий был длительным и не всегда привязан к одной местности. Окончательный ответ можно получить только после серьёзных генеалогических исследований, а пока остаётся опираться на лингвистический анализ и сравнительно-исторические данные.