Фамилия Пилишков — редкая и неочевидная по происхождению. Её основа, суффикс и возможные связи с другими фамилиями заставляют задуматься: кто мог быть предком человека с такой фамилией?

Самый вероятный путь — от прозвища или имени Пилишко. Это уменьшительно-ласкательная форма от имени Филя (Филипп) или от слова «пила». В первом случае цепочка проста: Филипп → Филя → Пилишко (с чередованием Ф/П, как в фамилиях Пилипенко, Пилипчук, распространённых на Украине и в южных областях России). Суффикс -шк- в русских и украинских говорах часто придаёт прозвищу оттенок ласкательности или, наоборот, пренебрежения — в зависимости от контекста. Во втором случае прозвище Пилишко мог получить пильщик, лесоруб или тот, кто работал с пилой, — аналогично фамилиям Пильщиков, Пилин.

Суффикс -ов в фамилии Пилишков — стандартный русский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность: «сын Пилишка». Модель образования типична для XVI–XVII веков, когда фамилии крестьян и посадских людей закреплялись по отцу или по прозвищу главы семьи.

Географически фамилия Пилишков тяготеет к южнорусским и украинским регионам, где имя Филипп в народной форме Пилип было широко распространено. Встречается она и в центральных областях России, но крайне редко. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) прямого упоминания Пилишкова нет, но однокоренные Пилипчук, Пилипенко, Пилипьев описаны как украинские по происхождению. Это косвенно подтверждает версию о южном корне.

Другая, менее правдоподобная версия — связь с топонимом. В Беларуси есть деревня Пилишки (Гродненская область), а в Литве — местечко Пилишкяй. Переселенцы из этих мест могли получить фамилию по названию родного села. Но суффикс -ов в таком случае был бы менее характерен — скорее ожидалась бы фамилия Пилишский или Пилишкин. Поэтому версия с личным именем или прозвищем остаётся основной.

Таким образом, предки Пилишковых с высокой вероятностью были выходцами из украинских или южнорусских земель, а прозвище родоначальника — Пилишко — могло означать либо ласковое обращение к человеку по имени Филя (Филипп), либо указание на его ремесло, связанное с пилой.