Фамилия Пилишкин образована от прозвища Пилишка, которое, скорее всего, восходит к глаголу «пилить». Вполне вероятно, что это прозвище относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на род деятельности человека: возможно, предок обладателя фамилии Пилишкин был лесорубом или плотником. Согласно другой гипотезе, прозвище Пилишка ведет свое начало от глагола «пиликать», то есть «плохо играть смычком». В таком случае прозвище мог получить человек, которому не удавалось обучение игре на скрипке. Кроме того, существует предположение, что фамилия Пилишкин происходит от аналогичного прозвища, которое, предположительно, связано с названием местечка Пилишки (Пилишку) в Латвии. Сам же топоним, по мнению исследователей, образован от литовского слова pilis - «замок, город». Исходя из этого, можно предположить, что основатель рода Пилишкиных был выходцем из этого населенного пункта. Так и прозвище Пилишка закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Пилишкин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пилишка, со временем получил фамилию Пилишкин.