Фамилия Пиндусов — редкий случай, когда корень слова почти наверняка не славянский, а греческий, но пришёл он в русский язык не напрямую из античности, а через церковную и бытовую лексику. Основа «пинд» восходит к названию горного массива Пинд в Греции и к слову «пиндос» — так в новогреческом языке (и в русской дореволюционной традиции) называли жителя этих гор, а в более широком смысле — просто грека. В XIX веке в южнорусских говорах и в среде черноморских казаков «пиндос» было ходовым прозвищем для выходцев из Греции, часто торговцев или моряков.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Пиндусов — это «сын Пиндуса», то есть сын человека, которого окружающие звали по прозвищу Пиндус. Фамилия могла закрепиться за потомками грека, осевшего в славянской среде, или за русским, получившим такое прозвище за связь с греками — например, за службу в греческом батальоне, торговлю с греческими купцами или за характерную внешность, которую считали «греческой».

Интересно, что фамилия Пиндусов практически не встречается в центральных и северных губерниях России. Её география тяготеет к югу: бывшие области Войска Донского, Кубань, Новороссия, а также города, где были греческие общины — Одесса, Таганрог, Ростов-на-Дону. Там «пиндос» было не оскорблением, а бытовым этнонимом, вроде «хохол» или «москаль». В отличие от фамилий на -огло или -иди, которые прямо выдают греческое происхождение, Пиндусов — пример полной русификации: греческое прозвище получило славянский суффикс, и теперь его носитель может даже не догадываться о связи с горами Эпира.

Других версий происхождения, заслуживающих внимания, нет. Соблазнительно связать эту фамилию с диалектным глаголом «пиндить» (капризничать, упрямиться) или с тюркскими корнями, но ни одна из этих гипотез не объясняет, почему фамилия так редка и почему её ареал совпадает с местами расселения греков. Поэтому основная и самая правдоподобная версия — греческая.