Фамилия Пинигин образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Скорее всего, Пинигин – фонетический вариант фамилии Пинегин, которая образована от названия северной реки Пинеги. Слово «Пинега» финно-угорское по происхождению и, предположительно, переводится как «лесная (хвойная) местность». Вероятно, основатель рода Пинигиных некоторое время жил на берегу этой реки. Согласно другой версии, прозвище Пинига восходит к диалектному вятскому слову «пинига» - «человек, который часто моргает или щурится». В этом случае прозвище могло указывать не на место жительства, а на внешние особенности человека. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пинега (Пинига), со временем получил фамилию Пинигин. О точном месте и времени возникновения фамилии Пинигин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Пинигин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.