Фамилия Пинигин почти наверняка — фонетический вариант более известной фамилии Пинегин. Такое чередование «е» и «и» в корне не редкость для русских говоров: безударная позиция сглаживает звуки, а на письме это часто закреплялось случайно, по принципу «как слышится, так и пишется». Поэтому, разбирая происхождение Пинигиных, мы на самом деле говорим о происхождении Пинегиных.

Основа фамилии — топоним, название северной реки Пинеги, правого притока Северной Двины. Слово это финно-угорское, и исследователи обычно переводят его как «лесная» или «хвойная местность». Так что предок, получивший прозвище Пинега, скорее всего, был выходцем с берегов этой реки или долго там жил, а потом перебрался в другие края. За ним закрепилось указание на родину, и его потомки стали Пинегиными, а со временем, в устной речи, — Пинигиными.

Существует и вторая, менее распространённая версия, которая связывает прозвище не с географией, а с внешностью. В вятских говорах встречается слово «пинига» — так могли назвать человека, который часто моргает или щурится. Эта версия вполне жизнеспособна, но выглядит менее убедительной: слишком уж прозрачно совпадение с названием крупной реки, которая дала начало целому пласту северных фамилий.

Суффикс -ин в фамилии указывает на притяжательность: Пинигин — это «сын Пиниги». Модель типична для русского севера, где такие фамилии от прозвищ формировались массово. Так что перед нами не дворянский или книжный вариант, а живое народное имя, которое закрепилось за родом и прошло через века. О точном времени возникновения конкретно формы «Пинигин» говорить сложно — фамилии на Руси складывались постепенно, на протяжении нескольких столетий, и закрепились в окончательном виде лишь к XIX веку. Но в любом случае, эта фамилия — памятник живой народной речи, соединивший в себе финно-угорский субстрат и славянскую словообразовательную традицию.