Фамилия Пинигин почти наверняка — фонетический вариант более распространённой фамилии Пинегин. Разница между ними всего в одной букве, и это не случайная описка, а типичное для северных говоров явление: безударное «е» там часто произносили ближе к «и», а потом и писать стали так же, как слышали. Поэтому, чтобы понять происхождение, нужно смотреть на исходную форму — Пинегин.

Она образована от названия реки Пинеги, левого притока Северной Двины, что течёт по Архангельской области. Слово «Пинега» — финно-угорское по происхождению, и его предположительно переводят как «лесная (хвойная) местность». Вероятно, основатель рода Пинигиных жил на берегу этой реки или в её окрестностях, а его потомков, перебравшихся в другие места, прозвали по прежнему месту жительства: «пинежанин» → «Пинега» → «Пинигин». Такая модель типична для русских фамилий, когда прозвище по реке или местности закреплялось за человеком и переходило к детям.

Есть и вторая версия, менее географическая, но не менее любопытная. Она выводит прозвище Пинига из диалектного вятского слова «пинига» — так называли человека, который часто моргает или щурится. В этом случае фамилия указывала не на место жительства, а на внешнюю особенность или привычку предка. Такие прозвища по физиогномике — частое явление в русской ономастике, поэтому версия имеет право на существование, хотя уступает первой по распространённости: слишком много фамилий на -игин/-егин восходят именно к топонимам.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Пинигин, то есть сын или потомок Пиниги. Это одна из самых древних и распространённых моделей образования русских фамилий, характерная для северных территорий, где фамилии складывались раньше, чем в центральных губерниях. Так что, независимо от того, был ли ваш предок жителем берегов Пинеги или человеком с характерной манерой щуриться, сама фамилия — чисто северная, и её корни уходят в поморскую или вятскую землю.