Фамилия Пинигина почти наверняка связана с двумя разными прозвищами, которые звучали одинаково, но имели разный смысл. Первая и самая распространённая версия — это фонетический вариант фамилии Пинегин. Такую фамилию давали человеку, который жил на берегу северной реки Пинеги, притока Северной Двины. Само слово «пинега» имеет финно-угорские корни, и его предположительно переводят как «лесная» или «хвойная местность». Выходит, что родоначальник Пинигиных мог быть выходцем с Русского Севера, и его прозвище Пинега указывало на место, откуда он пришёл.

Однако есть и другой, менее очевидный путь. В вятских говорах существовало слово «пинига» — так называли человека, который часто моргает или щурится. В этом случае прозвище Пинига не имело никакого отношения к географии, а описывало характерную внешнюю черту или привычку. Такие прозвища на Руси давали легко и быстро, они прилипали к человеку и переходили к его детям.

Словообразовательная модель здесь простая и понятная: к основе Пинига (или Пинега) добавили суффикс -ин, который в русском языке обозначает принадлежность. Получалось «чей?» — Пинигин, то есть сын, потомок или человек из семьи Пиниги. Женская форма Пинигина — это естественное окончание той же фамилии применительно к женщине.

Спор между версиями решается просто. Географическая версия выглядит убедительнее, потому что фамилия Пинегин и её варианты широко встречаются в северных регионах России, где река Пинега — известный топоним. Версия с вятским диалектным словом более редкая, но отбрасывать её нельзя: она объясняет случаи, когда фамилия встречается вдали от северных рек, например, в Кировской области. Впрочем, обе версии не противоречат друг другу — в разных семьях фамилия могла возникнуть независимо и по разным причинам.

Интересно, что написание через «и» вместо «е» — Пинигина вместо Пинегина — типичный пример того, как акающее произношение или просто привычка писать на слух закрепились в документах. Таких фамилий-двойников в русском языке много, и они часто сосуществуют рядом, не мешая друг другу.