Фамилия Пинюшко звучит нарочито по-украински или по-белорусски. Это типичный пример восточнославянской фамилии, образованной от прозвища с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -к- и патронимического окончания -о. Суффикс -ко (в белорусском и украинском — -ко) один из самых распространённых в этих языках: он превращал личное имя или прозвище в фамилию, указывая на родство («сын такого-то»). Пинюшко, таким образом, означает «маленький Пинь» или «сын Пиня».

Корень здесь — Пинь. Это могло быть сокращённой формой от крестильного имени Пинхас (библейское Финеес) или от редкого имени Пинат, но скорее всего перед нами прозвище. В белорусских и украинских говорах слово «пiнь» (пинь) означало «пень». Прозвище Пень давали коренастому, упрямому или нерасторопному человеку. Уменьшительная форма «Пинюшко» звучала бы мягче, возможно, по отношению к младшему или невысокому человеку с теми же чертами. Вторая версия, менее вероятная, — от глагола «пинать» (то есть «пинаться», брыкаться), что дало бы прозвище драчуну.

География фамилии говорит сама за себя. Пинюшко — фамилия, распространённая в юго-восточной Беларуси (Гомельская, Могилёвская области) и на западе Брянской области России. Это зона, где белорусский язык исторически смешивался с южнорусскими говорами. Встречаются варианты написания — Пинюшков (русифицированная форма) и Пинюшкевич (с более архаичным суффиксом -евич). Самый редкий вариант — Пинюшко без изменений, он и сохранил исходную белорусскую форму.

По сословному происхождению носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами. Фамилии на -ко в этой местности в массе своей закрепились за простыми людьми в XVII—XIX веках. Дворянские роды с таким окончанием встречаются, но редко, и обычно имеют другую документальную историю. Для фамилии Пинюшко никаких данных о принадлежности к шляхте нет, что подтверждает её народное, прозвищное происхождение.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает уточнить картину. Пиньков, Пинчук, Пинкевич — все они восходят к тому же корню «пинь». Пинчук, например, могло означать выходца из Пинска, но для Пинюшко такая топонимическая версия слаба: суффикс -ушк- характерен именно для уменьшительных форм, а не для указания на место. Так что самая правдоподобная версия — прозвище от «пень», смягчённое до Пинюшко.