Фамилия Пиньженина — редкий случай, когда основа слова не поддаётся однозначной славянской этимологии и заставляет искать корни в финно-угорских языках или в искажённых диалектных формах. Если отбросить женский суффикс -а, указывающий на принадлежность женщине (жена Пиньженина или дочь Пиньженина), то мужской вариант — Пиньженин. Сама фамилия образована по стандартной модели с суффиксом -ин, который в русском языке крепится к основам на -а или -я (ср. Птицын, Гагарин). Значит, в основе лежит прозвище или имя Пиньженя.

Что могло значить это слово? Первая и самая правдоподобная версия — географическая. В русском Севере, особенно в Архангельской области и Карелии, есть гидроним Пиньжа (река) и топоним Пиньженино (деревня). В таком случае прозвище Пиньженя давали человеку, приехавшему с реки Пиньжи или из деревни Пиньженино. Суффикс -еня характерен для северных и сибирских говоров, где так образовывали ласкательные или пренебрежительные формы имён и прозвищ (сравните: Костеня, Васеня). То есть Пиньженин — это «сын человека с Пиньжи».

Вторая версия, менее вероятная, но лингвистически возможная: связь с диалектным глаголом «пиньжать» или «пенжать» — ныть, плакать, капризничать (встречается в псковских и тверских говорах). Тогда Пиньженя — прозвище плаксивого, обидчивого человека. Однако эта гипотеза слабая: глагол редкий, а суффикс -еня в таком значении не типичен для прозвищ по характеру (чаще используют -уня, -ыня: Плаксуня, Ворчуня).

Третья, самая экзотическая версия — финно-угорское происхождение. В карельском и вепсском языках есть слово «pin’žä» — тонкий, худой, или «pin’žu» — мелкий. Если русские переселенцы заимствовали это слово и переделали его в прозвище Пиньженя, то фамилия могла означать «сын худощавого» или «сын мелкого человека». Но такая миграция слова маловероятна без письменных фиксаций.

Однозначного ответа, какая версия верна, нет. Но географическая — самая обоснованная: она объясняет и редкость фамилии (привязана к конкретному месту), и её форму. Фамилия Пиньженина почти наверняка указывает на происхождение из северных регионов России, где топонимы с корнем «Пиньж-» встречаются до сих пор.