Фамилия Пионицын — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не географическое название, а ботанический термин, причём с неожиданной суффиксальной историей. Корень здесь — «пион» (цветок), но фамилия образована не напрямую от слова «пион», а от прозвища или производного имени Пионя.

Разберём словообразовательную цепочку. В русских говорах и в просторечии «пион» могло превратиться в «пионя» — так могли назвать человека, который любил цветы, разводил их или, наоборот, получил шутливое прозвище за любовь к пышности и яркости (по аналогии с пышным цветком). От этой основы «Пион-» добавился суффикс «-ицын», который встречается гораздо реже, чем массовые «-ов» или «-ин». Суффикс «-ицын» обычно указывает на принадлежность к женщине: чей? — Пионицын, то есть сын Пионицы. Но «Пионица» — это не женское имя, а скорее форма, возникшая из «Пионя» через народное переоформление (как «куница» от «куна»). Таким образом, фамилия буквально значит «потомок того, кого звали Пионя» или «принадлежащий к роду Пиони».

Версия о происхождении от церковного имени Пионий (греческое «богатый, жирный») маловероятна: это имя встречалось в святцах, но крайне редко, и в русской бытовой среде оно не дало бы форму «Пионицын» — скорее «Пионов» или «Пионьев». Поэтому ботаническая основа надёжнее.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России, где цветоводство в усадьбах и монастырских садах было распространено, а прозвища от растений — обычное дело. В архивных записях XIX века Пионицыны встречаются среди крестьян и мещан, что подтверждает: фамилия не дворянская, а народная, образованная в среде, где прозвище давали по заметной черте или занятию.

Отдельного внимания заслуживает написание через «и» после «ц»: это архаичная орфографическая норма, когда после «ц» в суффиксах писали «ы» (как в фамилиях Куницын, Синицын), но в «Пионицын» сохранилось «и» — возможно, под влиянием книжного произношения или поздней фиксации. В современных словарях фамилия не зафиксирована как широко распространённая, но её носители есть, и каждый из них — носитель редкого «цветочного» корня, который почти не встречается в русских фамилиях.