Фамилия Пионковская, скорее всего, имеет польское или западноукраинское происхождение, что выдает суффикс -ский/-цкий. В славянской ономастике такие фамилии чаще всего указывают на связь с местом: их давали по названию усадьбы, деревни или городка, где жил основатель рода. Исходным пунктом могло стать поселение Пионково (Pionkowo) или Пионкув (Pionków). Названия эти, в свою очередь, образованы от слова «пион» — либо как имя собственное (от латинского Pio, уменьшительное от имени Пионий), либо от названия цветка.

Вторая версия, менее частая, но возможная для украинского или белорусского контекста: основа «пион» могла быть вариантом прозвища Пий, от глагола «пить» (пьяница). В таком случае Пионковский — это «сын того, кого звали Пионок», то есть потомок человека, известного пристрастием к выпивке. Однако для фамилии на -ский это менее типично: такие прозвищные формы обычно дают окончание -ович или -енко, а не топонимический суффикс.

Если смотреть по географии, фамилия Пионковская встречается в основном среди потомков польской шляхты, осевшей на Волыни, Подолье и в западных губерниях Российской империи. В XIX веке многие носители этой фамилии числились в дворянских родословных книгах, но не в высшей аристократии, а среди мелкопоместных землевладельцев или служилых людей. Женское окончание -ая указывает, что перед нами форма, закрепившаяся в русском языке при передаче польских фамилий: в оригинале фамилия звучала как Пионковский (Pionkowski).

Редкая черта этой фамилии — двойная основа. В отличие от типичных «садовых» фамилий вроде Розовского или Липовского, где корень прозрачен, Пионковский может восходить как к цветку, так и к личному имени. В польских документах XVII–XVIII веков встречаются записи о землевладельцах Pionkowski из Мазовии, что подтверждает топонимическую версию: усадьба Pionki дала название целому роду. Так что, скорее всего, предки носительницы фамилии владели небольшим поместьем с таким названием, а не выращивали пионы.