Фамилия Пипейкина — женская форма мужской фамилии Пипейкин. Она образована от прозвища или нецерковного имени Пипейка. Основа, скорее всего, звукоподражательная: «пипейка» могло означать человека, который издавал характерные звуки, например, пищал или говорил тонким голосом, или же того, кто играл на простом духовом инструменте вроде дудки или свирели. В русских говорах слово «пипеть» означает «пищать», а «пипейка» — это и сам писк, и тот, кто пищит. Такие прозвища по характерному признаку поведения или речи давались очень часто.

Модель образования фамилии типична для центральной России и Поволжья: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын или дочь Пипейки). Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, что подтверждается просторечной и даже несколько сниженной основой. В отличие от фамилий на -ский, которые часто носили духовенство или шляхта, Пипейкины — из среды, где прозвища были бытовыми и прямыми.

Географически фамилия редкая и встречается точечно. Её можно найти в документах по Вятской губернии, а также в некоторых записях по Рязанской области. Вятка исторически была регионом, куда ссылали и где селили выходцев из разных мест, поэтому там нередко сохранялись необычные прозвищные фамилии. Есть версия, что Пипейка — это искажённое «Пипей» или «Пипец» (от «пипать» — стучать, ударять), но она менее вероятна: суффикс -к- в прозвищах чаще образует уменьшительные или пренебрежительные формы, а не просто усечения.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Пипин, Пипиков, Пипа — показывает, что корень «пип-» в русской ономастике устойчив и связан именно со звукоподражанием, а не с заимствованиями. Так что предок современной Пипейкиной, скорее всего, был либо говорливым человеком с высоким голосом, либо музыкантом-самоучкой, которого в деревне прозвали за его игру на дудке.