Фамилия Пипус — редкий случай, когда написание почти не оставляет сомнений в происхождении. В отличие от большинства русских фамилий, она не заканчивается на -ов, -ев, -ин или -ский, а значит, перед нами либо позднее заимствование, либо фамилия, застывшая в форме прозвища. Скорее всего, это латинская основа, и здесь напрашивается прямая аналогия со словом «пипус» (pupus) — «мальчик», «кукла» в латыни. В среде семинаристов и выпускников духовных училищ такие «латинизированные» фамилии давали либо за неблагозвучную русскую фамилию, либо как шутливый псевдоним. Однако не исключён и бытовой вариант: в некоторых западных диалектах русского языка «пипус» могло быть прозвищем маленького, юркого человека или, наоборот, того, кто казался несерьёзным, «кукольным».

Второй, менее очевидный путь — эстонские или финские корни. В эстонском языке «pip» означает «перец», а уменьшительная форма «pipus» могла бы относиться к человеку с острым языком или пряным характером. Но для фамилии Пипус, встречающейся в основном на северо-западе России (Псковская, Ленинградская области), прибалтийское влияние вероятно: здесь фамилии нередко оседали без русских суффиксов, сохраняя исходную форму. В пользу этой версии говорит и то, что в русской традиции фамилии на -ус чаще всего либо семинарские (от латыни), либо заимствованные из языков Прибалтики.

Словообразовательная модель проста: основа «пип-» плюс окончание -ус, которое не является русским суффиксальным показателем. Это значит, что фамилия не прошла этап «сын такого-то» (как Петров — сын Петра), а осталась прямым прозвищем или искусственно созданным образованием. Социальный контекст тоже узок: такие фамилии редко встречаются у крестьянства (там преобладали патронимы на -ов/-ев), зато типичны для духовного сословия или для обрусевших переселенцев из западных губерний.

География бытования фамилии Пипус скудна: основные носители зафиксированы в Псковской области и в Санкт-Петербурге, единичные случаи — в Москве. Сравнение с однокоренными фамилиями, вроде Пипко, Пипенко или Пипунов, показывает, что Пипус стоит особняком: у неё нет суффикса, указывающего на национальную принадлежность (украинского -енко, белорусского -ко или русского -ов). Это делает её скорее «интеллигентским» или «инородческим» следом, чем массовой крестьянской фамилией.

Итог: если ваш предок носил фамилию Пипус, он мог быть либо семинаристом, получившим латинизированное прозвище от наставников, либо выходцем из прибалтийских земель, где фамилия закрепилась в местном варианте. Третий путь — очень редкий случай, когда прозвище «Пипус» (от диалектного «пипать» — пищать, или от «пипу» — пухлый) просто не переделали в стандартную форму. Точнее сказать сложно из-за малочисленности фамилии, но оба объяснения правдоподобны.