Фамилия Папус — редкий случай, когда прозвище перешло в наследственное имя почти без изменений, сохранив исходное звучание. В русской традиции фамилии на -ус обычно либо латинского происхождения (из духовных учебных заведений), либо являются окаменевшей формой прозвища. С Папусом второй вариант.

Основа фамилии — слово «папус». В разных говорах у него было два основных значения. Первое — «папа», «отец», то есть ласковое или уважительное обращение к отцу семейства. Второе — «папушка» (уменьшительное), так в южных и западных регионах России называли буханку хлеба, каравай. Прозвище Папус мог получить либо человек с отцовским авторитетом (старший в роду, уважаемый глава), либо полный, круглый человек, которого в шутку сравнивали с хлебом.

Фамилия могла возникнуть и в среде польского или украинского влияния. В польском «papus» — разговорное «папаша», а в украинских говорах «папуша» означала «связка», «пачка» (например, табака). Если предок торговал табаком или носил его на продажу, прозвище Папус закреплялось за ним по роду занятий.

Самый редкий вариант происхождения — из семинарской среды. Латинское «papa» (папа, отец) давало прозвища будущим священникам. Фамилия на -ус — типичная для выпускников духовных училищ, где латинизировали русские прозвища. Но в случае Папуса это маловероятно: фамилия слишком короткая и бытовая, её могли «олатинить» разве что в шутку.

Встречается фамилия в основном на западе России, в Беларуси и на Украине. В центральных областях её почти нет — это маркер определённого ареала, где «папус» было живым словом. Суффикса в фамилии нет, она представляет собой чистую основу, что указывает на позднее оформление (фамилия не успела обрасти типичными русскими суффиксами -ов или -ин). Носители фамилии Папус — потомки людей, которых в быту называли по отцовской роли, по внешности или по профессии, и это прозвище стало настолько привычным, что заменило родовое имя.