Фамилия Пакус — редкий случай, когда географический корень почти наверняка перевешивает прозвищный. Самое правдоподобное объяснение: фамилия происходит от латышского слова pakus, что значит «куст» или «кустарник». В таком случае предок носителя фамилии жил у зарослей, в кустах, или получил прозвище по характерной особенности места — «тот, кто из кустов». В пользу этой версии говорит и типично латышский суффикс -us, который в фамилиях балтийского региона часто указывает на принадлежность к месту или характеристику человека. Поэтому искать корни фамилии Пакус стоит прежде всего в Латвии или на исторических территориях Лифляндии и Курляндии.

Есть и другая, менее вероятная гипотеза: фамилия могла возникнуть в немецкоязычной среде. В немецком Pakt (пакт, договор) или диалектное Pack (связка, тюк) могли дать прозвище Pakus — например, торговцу, который носил товары в связках, или человеку, заключившему некий договор. Однако в немецкой ономастике суффикс -us нехарактерен для прозвищ, чаще он встречается в латинизированных формах. Поэтому эта версия уступает балтийской.

Обратите внимание на окончание -ус. Это не славянский суффикс. В русских фамилиях такое окончание — редкость, обычно оно выдает иноязычное происхождение: либо балтийское (латышское, литовское), либо искусственное семинарское (из латыни). Семинарские фамилии на -ус (например, Богоявленский —> Богоявленус) образовывали от церковных слов, но «Пакус» к этой группе не подходит — нет очевидной латинской основы. Значит, балтийский след — основной.

Фамилия Пакус не относится к дворянским или старинным родам с известной историей. В дореволюционных списках она почти не встречается за пределами Прибалтики. После присоединения Латвии к СССР часть носителей фамилии переехала в другие республики, поэтому сейчас Пакусов можно встретить в России, Беларуси и на Украине, но это — следствие миграции XX века, а не исконное бытование.

Что касается ударения: скорее всего, оно падает на первый слог — Па́кус, как в латышском языке. В русском произношении допустимо и Паку́с, но это уже вторичный вариант.