Фамилия Пакусов образована от прозвища или имени Пак, Пакус. В русской ономастике это редкий случай, когда основа может быть как исконной, так и заимствованной. Самая вероятная версия — связь с диалектным словом «пак» или «пакус», которое в некоторых говорах означало «пучок», «связка», «клок». Такое прозвище могли дать человеку за манеру носить волосы (например, косматому) или за профессию, связанную с вязанием снопов, пучков товара — крестьянину, торговцу, ремесленнику.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Пакусов — «сын Пакуса». Фамилия относится к «чистому» типу, без дополнительных приставок или уменьшительных суффиксов, что говорит о её относительно позднем оформлении (XVII–XVIII века), когда такие формы стали массовыми.

Есть и альтернативная версия, но менее убедительная: от имени Пак как сокращённой формы крестильного имени Пахомий (через Пах → Пак). В этом случае Пакус — просторечный вариант Пахома, а Пакусов — потомок Пахома. Эта гипотеза слабее, потому что в русской традиции уменьшительные от Пахомия давали формы Пахомов, Пахомкин, а не Пакусов.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России, но не является частой. Встречается в старых переписях Вологодской и Костромской губерний, где диалектное слово «пак» было в ходу. Среди известных носителей фамилии нет громких исторических фигур, что подтверждает её «народное» происхождение — от крестьян или посадских людей, чьё прозвище закрепилось в документах без изменения.