Фамилия Папузин на первый взгляд кажется простой, но её основа таит в себе неожиданный поворот. Самое распространённое объяснение — происхождение от имени Папа, которое в старину было не редким. В документах XV–XVII веков встречаются крестьяне и посадские люди с таким именем. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Папузин — «сын Папузи», а Папузя — это уменьшительно-ласкательная форма от Папа, Папуля. В народном быту так могли называть не только отца, но и деда, и вообще старшего мужчину в семье.

Однако есть иная, более редкая версия, которую стоит рассмотреть. В южных и западных говорах «папуз» или «папуша» означало связку, пучок, чаще всего табачных листьев. Прозвище Папуз могли дать торговцу табаком или человеку, который сам выращивал махорку. В этом случае Папузин — потомок того самого Папуза, и фамилия оказывается профессиональной, а не «семейной». С точки зрения словообразования обе версии состоятельны, но первая (от личного имени) встречается чаще и объясняет наличие суффикса -ин, который в русском языке почти всегда крепится к основам на -а, -я.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России. В переписях XIX века Папузины записаны в Тамбовской, Рязанской и Воронежской губерниях — в основном среди государственных крестьян. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что говорит о её однозначно простонародном происхождении.

Интересно, что фамилия не получила широкого распространения и осталась довольно редкой. В отличие от массовых Павловых или Ивановых, Папузин сохранил локальный характер и не «растворился» в других фамилиях. Это может указывать на то, что предки носителей жили относительно замкнуто, в одном регионе, и фамилия не вышла за пределы своей диалектной среды.