Фамилия Папузина — женская форма фамилии Папузин, и её разбор стоит начать с суффикса, который сразу указывает на происхождение. Суффикс -ин в русских фамилиях типичен для образования от основ, оканчивающихся на -а или -я: он отвечает на вопрос «чей?» и означает принадлежность. Таким образом, Папузин буквально значит «сын Папузы» или «человек из рода Папузы». В центре внимания оказывается прозвище или некалендарное имя Папуза.

Слово «папуза» в русских говорах имеет несколько значений, и самое вероятное из них — диалектное, встречающееся в южных и западных регионах. В курских, орловских, воронежских говорах папузой называли пузо, живот, брюхо. Соответственно, прозвище Папуза могли дать человеку с заметным животом, упитанному или медлительному. Такие «телесные» прозвища были распространены на Руси: они просты и наглядны, не несли оскорбления, а скорее служили бытовой меткой.

Есть и другая, менее очевидная версия — связь с тюркскими языками. В тюркском «папуз» или «папус» может означать «башмак» или «туфель» (сравните с турецким papuç — обувь). В этом случае прозвище относилось бы к сапожнику или человеку, который носил необычную обувь. Однако эта гипотеза слабее: фамилия Папузина имеет ярко выраженный славянский облик, и диалектное русское «папуза» как «пузо» встречается гораздо чаще и логичнее встраивается в словообразовательную модель.

Географически фамилия Папузины встречается в основном в центральных и южных областях России, особенно в Тамбовской, Рязанской и Липецкой губерниях. В XIX веке носители фамилии были преимущественно крестьянами и мещанами. Интересно, что в некоторых переписях встречается вариант написания «Папузин» без мягкого знака, что связано с аканьем и местным произношением: Папуза могло звучать как Папуз.

Таким образом, предок современных Папузиных, скорее всего, получил прозвище за дородность или полноту, и фамилия закрепилась за его потомками в чернозёмной полосе России. В отличие от многих фамилий на -ин, образованных от крестильных имён (Иван — Иванов), эта фамилия идёт от чистого прозвища, что делает её более «народной» и привязанной к бытовой жизни.