Фамилия Пхиденко звучит необычно для русского уха, и это первый ключ к её разгадке. Её основа — не славянское слово, а, скорее всего, адаптированное имя или прозвище. Суффикс -енко — типичный украинский патронимический формант, означающий «сын» или «потомок». В украинской ономастике фамилии на -енко (Шевченко, Тарасенко) массово формировались в XVI–XVII веках, особенно на Левобережье и Слобожанщине. Значит, Пхиденко — украинская по происхождению фамилия, образованная от личного имени Пхидо или Пхида.

Откуда взялось это имя? Самая вероятная версия — это фонетическая адаптация греческого имени Феодор (Theodoros — «дар Бога») через его краткую форму. В южнорусских и украинских говорах звук «ф» часто заменялся на «хв» или просто «х»: вместо Фёдор говорили Хведор, а затем и Хвидор. Форма «Пхидо» могла возникнуть из «Хвидо» через оглушение начального согласного (как «пхать» вместо «фхать»). Таким образом, Пхиденко — это «сын Федора» (или Хвидора), где исходное имя прошло через цепочку народных преобразований.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с диалектным глаголом «пхикать» (плакать, хныкать) или «пхать» (толкать, совать). Тогда прозвище Пхида могли дать капризному ребёнку или, наоборот, человеку навязчивому. Однако патронимический суффикс -енко всё же склоняет к первой, именной версии: прозвища редко становятся основой для фамилий с таким типично «сыновьим» окончанием.

Географически фамилия тяготеет к Полтавской, Харьковской и Сумской областям Украины, а также к приграничным районам России (Белгородчина, Курщина). В ревизских сказках и метрических книгах XIX века Пхиденко встречаются среди казаков и государственных крестьян — сословий, где такие «народные» формы имён были нормой.

Родственные по модели фамилии — Хименко (от Хима = Евфимий), Хведченко (от Хведь = Федя). Но Пхиденко стоит особняком из-за редкого начального «Пх-», которое сразу привлекает внимание и выдаёт в фамилии не позднее книжное заимствование, а живую разговорную традицию.