Фамилия Плодунов образована от прозвища или нецерковного имени Плодун с помощью стандартного русского патронимического суффикса -ов, указывающего на принадлежность («чей?» — сын Плодуна). Основа здесь — слово «плод», и это сразу задаёт два возможных, но разных по смыслу направления для объяснения.

Самое прямое и правдоподобное объяснение — связь с плодоводством или садоводством. Плодуном в русских говорах могли называть садовода, огородника, человека, который выращивает плодовые деревья или ягодные кустарники, либо того, у кого «плодятся» сады и огороды. Прозвище могло быть дано за богатый урожай, за умение прививать деревья или за владение плодоносным участком. В этом случае фамилия относится к «ремесленному» типу, как, например, Садовников или Виноградов, но с более редкой и конкретной диалектной формой.

Вторая версия, менее очевидная, но имеющая место в ономастике, — прозвище по физиологической особенности. В старину Плодуном могли назвать многодетного отца, плодовитого мужчину. Такие прозвища (Родион, Чадородец) встречались, хотя суффикс -ун в этом случае придаёт скорее шутливый или даже ироничный оттенок. Однако стоит заметить, что в русских говорах слово «плодун» в значении «плодовитый человек» не зафиксировано так широко, как «плодун»-садовод, поэтому первая версия выглядит убедительнее.

Фамилия Плодунов — редкая. Она не входит в списки самых распространённых русских фамилий, и её география, скорее всего, привязана к северным или центральным регионам России, где были сильны традиции огородничества и садоводства. Встречается она и в формах Плодухин, Плодушкин (с другими суффиксами), что подтверждает единую прозвищную основу. Интересно, что в некоторых говорах «плодун» могло означать ещё и «пустоплод» — растение или дерево, которое цветёт, но не даёт плодов, но такое прозвище вряд ли дали бы в качестве доброго имени, скорее как насмешку, и оно вряд ли закрепилось бы в фамилии. Таким образом, Плодунов — это фамилия человека, чей предок был связан с садом, урожаем и плодоносящей землёй.