Фамилия Подунов в первой версии восходит к прозвищу Подун, а оно — к нарицательному «под». Так называли горизонтальную поверхность в печной топке, на которую кладут топливо. Если держаться этой версии, основоположник рода Подуновых занимался кладкой печей: печник был уважаемым человеком в деревне, и прозвище по ремеслу легко закреплялось за семьёй. Потомок человека с прозвищем Подун со временем получал фамилию Подунов.

Вторая гипотеза ведёт фамилию к румынскому слову pod — «мост». В этом случае прозвище Подун получал человек, живший возле моста или следивший за ним. Версия не лишена оснований: в южнорусских говорах и в зонах контакта с романскими языками такие заимствования встречались, но для центральной России она менее вероятна. Правдоподобнее всё же печной «под»: он даёт прозвище, понятное без перевода на всей территории расселения русских.

Третья версия отталкивается не от существительного, а от глагола «дуть». На Руси бытовало выражение «дуть в уши» — то есть наговаривать, пускать слухи. Тогда Подун — тот, кто поговаривает, наговаривает, сплетничает. Модель образования здесь иная: без соединительного «о», скорее от основы «под-» + суффикс «-ун», как в словах «говорун», «бегун». Такие прозвища по характеру или привычке давали часто, но у фамилии Подунов ударение и написание тяготеют к варианту с «о» в корне, что сближает её именно с печным подом.

Суффикс «-ун» в прозвище Подун — типичный для русской ономастики способ образовать имя по действию или признаку. От таких прозвищ и пошли фамилии на «-ов»: Подунов буквально означает «сын Подуна». Фамилия редкая, в старых писцовых книгах встречается точечно, и уверенно привязать её к одному региону сложно. Но если опираться на печную версию, предки Подуновых могли жить там, где активно развивалось гончарное дело и печной промысел, — например, в центральных и поволжских губерниях.

Что выбрать? Надёжнее всего первая версия: она опирается на прямое значение слова, широко известного в русских говорах, и объясняет форму фамилии без натяжек. Версия с мостом — экзотическая и возможна лишь при доказанном румынском или молдавском следе в родословной. Версия со сплетником проще по смыслу, но упирается в то, что глагол «дуть» в таком значении дал бы скорее прозвище Дунов или Дуня, а не Подун. Так что, скорее всего, первый Подунов был печником, и фамилия хранит память о его ремесле.