Фамилия Подунай, скорее всего, восходит к названию реки Дунай, протекающей по территории Румынии, Венгрии, Австрии, Сербии, Хорватии, Украины, Германии и др. Это вторая по протяжённости река в Европе (после Волги). Сам гидроним, по одной из версий, связан с кельтскими словами danu («быстрый») и vius («вода»). Не исключено, что он ведет свое начало от скифо-сарматского dānu, что означало «вода, река» (в современном осетинском — «дон»). Вполне вероятно, что основатель рода Подунай был уроженцем одного из городов, расположенных по течению этой реки. Не иключено также, что родоначальник этой фамилии был купцом или путешественником.