Фамилия Подунов образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Скорее всего, прозвище Подун происходит от нарицательного «под», которое имеет значение «горизонтальная поверхность в печи, в печной топке, на которую кладется топливо». Исходя из этого, можно предположить, что основоположник рода Подуновых мог заниматься кладкой печей. Согласно другой гипотезе, фамилия Подунова имеет румынские корни и связана со словом pod, которое переводится на русский язык как «мост». В этом случае прозвище Подун мог получить человек, живший возле какого-то моста. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Подун, со временем получил фамилию Подунов. О точном месте и времени возникновения фамилии Подунов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Подунов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.