Фамилия Подунова восходит к глаголу «дуть». На Руси было выражение: «дуть в уши», что означало «наговаривать». Скорее всего, предок носителя этой фамилии имел прозвище Подунова, т.е. «тот, кто поговаривает, пускает слухи, наговаривает».