Фамилия Плухин — хороший пример того, как прозвище, данное человеку за характер или поведение, закрепилось в родовом имени. Её основа — слово «плух» или «плуха». В русских говорах «плухом» называли неповоротливого, медлительного, вялого человека. Значение близко к современному «простодырый» или «растяпа»: тот, кто всё делает неловко, с ленцой, без хватки. Сравните с однокоренными «плут» (плутовать — значит хитрить, изворачиваться) — здесь корень другой, и смысл противоположный. Плухин, скорее, не хитрец, а увалень.

Модель образования типична для северных и центральных областей России: суффикс -ин указывает на принадлежность. Плухин — буквально «сын Плуха» или «человек из рода Плуха». Такие фамилии чаще всего возникали в среде крестьян и посадских людей, где прозвища давали по внешним или внутренним качествам, реже — по профессии. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от мирских имён (Пётр — Петров), -ин тяготел к прозвищам с яркой характеристикой.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель на -ин от основ, оканчивающихся на -а/-я, описана как одна из древнейших и самых распространённых в северорусских землях. Плухин мог возникнуть в Новгородской, Вологодской или Архангельской губерниях — там, где активно бытовала диалектная лексика и была сильна традиция прозвищного именования.

Интересная деталь: фамилия Плухин встречается реже, чем её «родственники» Плухов или Плугарь. Плухов образована от той же основы, но с другим суффиксом, а Плугарь — от названия ремесла (плугарь — пахарь). Плухин же остался в тени, сохранив яркую бытовую окраску: она не указывает на занятие, а рисует портрет предка — медлительного, несуетливого человека, которого в деревне за глаза называли Плухом.